宗教一向是左右肯亞政治的因素之一。雖然肯亞各宗教(包括基督宗教、伊斯蘭教和佛教)領袖都宣稱在政治上保持中立,但大部分的政治領袖都明顯屬於特定的宗教或教派,例如歐丁嘉是聖公會教徒,現任的甘耶達則屬於羅馬天主教會。過去教會曾被批評偏袒特定候選人,對此肯亞教協(National Christian Council of Kenya)總幹事加儂.彼得.克藍伽牧師(Canon Peter Karanja)評論道,雖然基督教會並未推舉候選人,但選民卻傾向投給出身同個教派的人,因此激化了對立。
選前,天主教主教菲利浦.安侑羅(Philip Anyolo)便指出,雖然肯亞正邁向民主化和自由化,但選舉的中立性和人民權利仍不時受到暴力威脅。他表示:「有時候,我們被譴責重視和平但忽視了正義。但我們必須提醒,我們有責任創造和平、尋求和平,並且過著和平的生活。」而且「沒有和平,就不會有可信賴的選舉。」肯亞教協和非洲教協(All Africa Conference of Churches)則發表共同聲明,指出「在個人層次和體制層次上拒絕所有鼓吹暴力的行為,是每個肯亞人的責任。」